全部 标题 作者
关键词 摘要

OALib Journal期刊
ISSN: 2333-9721
费用:99美元

查看量下载量

相关文章

更多...
化学学报  2015 

具核梭杆菌具核亚种蛋白质组及其在癌症pH环境下的差异蛋白质组分析

DOI: 10.6023/A15010015, PP. 337-342

Keywords: 具核梭杆菌,蛋白质组,非标定量,pH,环境,丁酸代谢

Full-Text   Cite this paper   Add to My Lib

Abstract:

利用LC-MS/MS对F.nucleatum的蛋白质表达谱进行了深入研究,共鉴定到1198个蛋白质的表达,占基因组58%的编码基因.通过在pH6.5(癌症组织pH环境)和pH7.5(正常组织pH环境)两种条件下F.nucleatum蛋白质表达的定量蛋白质组学分析,发现处于癌症微环境pH条件下蛋白质表达的变化明显集中于金属离子转运,硫胺素代谢,糖代谢等过程和功能.产丁酸发酵的能量代谢通路中的七个代谢酶在蛋白质组数据中找到,其中有五个在癌症pH条件下显著下调,这五个酶包含了丁酸盐代谢的整个过程,这为结直肠癌患者肠道丁酸盐含量降低提供了新的证明.此外,癌症pH条件下F.nucleatum的丁酸代谢受到抑制,造成产丁酸能力下降,可能是其促进结直肠癌发展在代谢水平上的原因之一.

References

[1]  Pryde, S. E.; Duncan, S. H.; Hold, G. L.; Stewart, C. S.; Flint, H. J. FEMS Microbiol. Lett. 2002, 217, 133.
[2]  Scharlau, D.; Borowicki, A.; Habermann, N.; Hofmann, T.; Klenow, S.; Miene, C.; Munjal, U.; Stein, K.; Glei, M. Mutat. Res. 2009, 682, 39.
[3]  Han, Y. W. Curr. Protoc. Microbiol. 2006, Chapter 13, Unit 13A 1
[4]  .Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nature Protoc. 2009, 4, 44.
[5]  Group, N. H. W.; Peterson, J.; Garges, S.; Giovanni, M.; McInnes, P.; Wang, L.; Schloss, J. A.; Bonazzi, V.; McEwen, J. E.; Wetterstrand, K. A.; Deal, C.; Baker, C. C.; Di Francesco, V.; Howcroft, T. K.; Karp, R. W.; Lunsford, R. D.; Wellington, C. R.; Belachew, T.; Wright, M.; Giblin, C.; David, H.; Mills, M.; Salomon, R.; Mullins, C.; Akolkar, B.; Begg, L.; Davis, C.; Grandison, L.; Humble, M.; Khalsa, J.; Little, A. R.; Peavy, H.; Pontzer, C.; Portnoy, M.; Sayre, M. H.; Starke-Reed, P.; Zakhari, S.; Read, J.; Watson, B.; Guyer, M. Genome Res. 2009, 19, 2317.
[6]  Backhed, F.; Ding, H.; Wang, T.; Hooper, L. V.; Koh, G. Y.; Nagy, A.; Semenkovich, C. F.; Gordon, J. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 15718.
[7]  Sjostrom, L.; Lindroos, A. K.; Peltonen, M.; Torgerson, J.; Bouchard, C.; Carlsson, B.; Dahlgren, S.; Larsson, B.; Narbro, K.; Sjostrom, C. D.; Sullivan, M.; Wedel, H.; Swedish Obese Subjects Study Scientific, G. N. Engl. J. Med. 2004, 351, 2683.
[8]  Tremaroli, V.; Backhed, F. Nature 2012, 489, 242.
[9]  Bolstad, A. I.; Jensen, H. B.; Bakken, V. Clin. Microbiol. Rev. 1996, 9, 55.
[10]  Bennett, K. W.; Eley, A. J. Med. Microbiol. 1993, 39, 246.
[11]  Kapatral, V.; Anderson, I.; Ivanova, N.; Reznik, G.; Los, T.; Lykidis, A.; Bhattacharyya, A.; Bartman, A.; Gardner, W.; Grechkin, G.; Zhu, L.; Vasieva, O.; Chu, L.; Kogan, Y.; Chaga, O.; Goltsman, E.; Bernal, A.; Larsen, N.; D'Souza, M.; Walunas, T.; Pusch, G.; Haselkorn, R.; Fonstein, M.; Kyrpides, N.; Overbeek, R. J. Bacteriol. 2002, 184, 2005.
[12]  Kostic, A. D.; Gevers, D.; Pedamallu, C. S.; Michaud, M.; Duke, F.; Earl, A. M.; Ojesina, A. I.; Jung, J.; Bass, A. J.; Tabernero, J.; Baselga, J.; Liu, C.; Shivdasani, R. A.; Ogino, S.; Birren, B. W.; Huttenhower, C.; Garrett, W. S.; Meyerson, M. Genome Res. 2012, 22, 292.
[13]  Castellarin, M.; Warren, R. L.; Freeman, J. D.; Dreolini, L.; Krzywinski, M.; Strauss, J.; Barnes, R.; Watson, P.; Allen-Vercoe, E.; Moore, R. A.; Holt, R. A. Genome Res. 2012, 22, 299.
[14]  Rubinstein, M. R.; Wang, X.; Liu, W.; Hao, Y.; Cai, G.; Han, Y. W. Cell Host Microbe 2013, 14, 195.
[15]  Nugent, S. G.; Kumar, D.; Rampton, D. S.; Evans, D. F. Gut 2001, 48, 571.
[16]  Navratilova, J.; Hankeova, T.; Benes, P.; Smarda, J. Chemotherapy 2013, 59, 112.
[17]  Cardone, R. A.; Casavola, V.; Reshkin, S. J. Nat. Rev. Cancer 2005, 5, 786.
[18]  Zheng, J. F.; Sun, C. Y.; Sun, L. C.; Yang, X. M.; Wang, X. Z.; Huang, Y.; Li, Y.; He, J. Q. Acta Chim. Sinica 2010, 68, 996. (郑君芳, 孙超渊, 孙丽翠, 杨晓梅, 王小柱, 黄艳, 李洋, 贺俊崎, 化学学报, 2010, 68, 996.)
[19]  Xu, F. F.; Sun, S.; Liu, X. H. Acta Chim. Sinica 2006, 64, 543. (徐菲菲, 孙胜, 刘秀华, 化学学报, 2006, 64, 543.)
[20]  Liu, X. H.; Yin, X. F.; Shen, H. L.; Lu, H. J.; Yang, P. Y. Sci. Sinica (Chimica) 2014, 44, 739. (刘晓慧, 殷薛飞, 申华莉, 陆豪杰, 杨芃原, 中国科学, 2014, 44, 739.)
[21]  Hebert, A. S.; Richards, A. L.; Bailey, D. J.; Ulbrich, A.; Coughlin, E. E.; Westphall, M. S.; Coon, J. J. Mol. Cell. Proteomics 2014, 13, 339.
[22]  Beck, M.; Schmidt, A.; Malmstroem, J.; Claassen, M.; Ori, A.; Szymborska, A.; Herzog, F.; Rinner, O.; Ellenberg, J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 549.
[23]  Ohigashi, S.; Sudo, K.; Kobayashi, D.; Takahashi, O.; Takahashi, T.; Asahara, T.; Nomoto, K.; Onodera, H. Dig. Dis. Sci. 2013, 58, 1717.

Full-Text

Contact Us

service@oalib.com

QQ:3279437679

WhatsApp +8615387084133