多鳍鱼Shh基因克隆与同源性分析

根据已报道的软骨鱼、硬骨鱼、两栖类、鸟类、哺乳类和人的Sonichedgehog(Shh)基因序列，在Shh基因保守区设计一对简并性引物，利用PCR技术从多鳍鱼cDNA中扩增Shh基因。结果显示，多鳍鱼Shh基因全长1263bp，编码421个氨基酸。通过同源性比较发现，多鳍鱼与肺鱼的同源性最高，为82.5%，二级结构分析表明，Shh蛋白含有30.71%的α螺旋，21.67%的扩展线条和47.62%的无规卷曲，不含β片层；并以蛋白质结构数据库（PDB）中已解析的Shh蛋白的三维结晶结构(3D)为模板，利用http//www.expasy.org/swissmod/SWISS-MODEL.html同源模建Shh蛋白的三维结构，为进一步研究Shh基因在胚胎体节发育和肢芽图式形成中的功能奠定了基础。