活性污泥宏基因组DNA提取方法优化

宏基因组DNA的成功获取是宏基因组学技术顺利开展的关键．利用溶菌酶-SDS-蛋白酶K法(LSK法)提取活性污泥宏基因组DNA,结合单因素法与表面响应法对提取过程的4个关键步骤进行条件优化,即预处理、细胞裂解、蛋白去除及DNA沉淀过程．确定影响DNA产量的重要因素:预处理缓冲溶液与DNA沉淀剂类型、CTAB质量分数、溶菌酶浓度、37℃水浴时间及SDS质量分数．确定LSK法提取宏基因组DNA的最佳条件:TENC预处理活性污泥；1.5%CTAB；0.5mg/mL溶菌酶,37℃水浴1.4h；2%SDS,200μg/mL蛋白酶,55℃水浴2.5h；异丙醇沉淀DNA40min．在最佳条件下,活性污泥宏基因组DNA的最大产量为每g污泥170μg．本研究可为环境样品中高质量宏基因组DNA的提取提供有价值的参考．