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大连理工大学学报 2009
钙调蛋白构象变化路径DOI: 10.7511/dllgxb200904006, PP. 499-505 Keywords: 钙调蛋白CaM,常规分子动力学CMD,靶向分子动力学TMD,全局构象变化 Abstract: 根据已发现的钙调蛋白CaM打开和闭合两种不同的构象,研究了拮抗剂对构象变化的影响以及CaM全局构象变化路径.首先,进行了含拮抗剂和不含拮抗剂的两种常规分子动力学模拟,结果表明CaM在独立存在时具有从闭合状态开启的趋势,它的构象动态变化推动了CaM变构功能的实现;拮抗剂具有将CaM的构象变化“锁住”在闭合状态的功能,有利于CaM控制一些激酶和磷酸酶的活性.在此基础上,进一步用靶向分子动力学模拟了CaM从闭合到打开的构象变化过程,得到一条稳定的变化路径和4个可能的过渡态构象.
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