非标记液相色谱-质谱联用蛋白组学并行分析策略研究

在双酶双碎裂条件下,建立了针对非标记液相色谱-质谱联用蛋白质组学的并行分析策略。应用拥有碰撞诱导解离(CID)和电子转移解离(ETD)两种碎裂方式的液相色谱-质谱联用对经胰蛋白酶和V8酶分别酶解的牛血清白蛋白(BSA)、大肠杆菌及复杂血清样品进行检测。与单酶酶解比较,双酶酶解的蛋白总发现率增加了11%,蛋白总覆盖率可增加10%以上;CID/ETD结合模式分别比CID、ETD模式多鉴定出87和263个大肠杆菌蛋白;对于复杂样品的分析,采用双酶双碎裂并行方式,可使人、猪和兔的血清蛋白检出率分别提高21%、20%和10%。采用并行策略提高了非标记蛋白组分析的效率,并且由于并行方式的互补性,为数据提供了交叉验证,使结果更为可靠。