扬子鳄MHCⅡ类B基因第二外元的克隆及序列分析

3头扬子鳄血样取自宣城安徽省扬子鳄繁殖研究中心。利用一对简并引物对MHCⅡ类B基因第二外元的部分片段进行扩增；通过克隆、单链构象多态性分析、测序，并将测得序列与下载的8个物种MHC序列比对，确定序列差异和变异位点；利用MEGA软件构建NJ树，PAUP4.0构建MP树。结果得到10种不同的序列，片段长166bp。核苷酸序列中有38个变异位点，氨基酸序列中有23个变异位点；推定的抗原结合位点非同义替换(dN)明显高于同义替换(dS)。10种序列的NJ树和MP树极为相似，均为A、B两个分支，两个分支明显的特异性位点核苷酸序列中有9个，氨基酸序列中有7个。表明扬子鳄MHCⅡ类B基因第二外元有较高的多态性，有利于扬子鳄饲养种群的遗传保护。