分子进化树的构建

进化树（evolutionarytree）又名系统树（phylogenetictree）已发展成为多学科（包括生命科学中的进化论、遗传学、分类学、分子生物学、生物化学、生物物理学和生态学，又包括数学中的概率统计、图论、计算机科学和群论）交叉形成的一个边缘领域。闻名国际生物学界的美国冷泉港定量生物学会议于1987年特辟出“进化树”专栏进行学术讨论，标志着该领域已成为现代生物学的前沿之一，迄今仍很活跃。分子进化树（以分子数据为依据构建的进化树）不仅精确地反映物种间或群体间在进化过程中发生的极微细的遗传变异（小至一个氨基酸或一个核苷酸差异），而且借助化石提供的大分子类群的分化年代能定量地估计出物种间或群体间的分化年代，这对进化论的研究而言无疑是一场革命。然而分子进化树的构建尚未臻成熟，因而大有发展余地。当今不同的构树法，大体可归并成三大类：1.简约法（parsimony）；2.距离矩阵法（distancematrixmethods）3.最大似然法（maximumlikelihoodmethods）。鉴于分子数据系抽样所获，可利用重抽样技术（resampling）——最重要的有折刀法（jackknifing）和自助法（bootstrapping）——检验并校正所获数据。本文拟介绍和分析上述诸法，并展望其美好前景。