SARS冠状病毒M基因变异规律分析

？目的测定SARS冠状病毒(SARS-CoV)GD322株M基因序列,与其他SARS-CoVM基因进行比较分析,初步了解SARS-CoV在流行过程中M基因的变异规律。方法提取GD322株RNA,经RT-PCR扩增M基因后克隆至T-载体,转化DH5α,并进行序列测定。以SARS冠状病毒多伦多株2(TOR2)M基因为基准,利用ClustalX软件与其他SARS-CoVM基因进行比较,了解变异情况,采用Protean软件预测α螺旋和B细胞抗原表位。结果完成GD322株基因测序(AY702026),通过对已发表81株SARS-CoVM基因序列初步分析,选定TOR2为基准株。发现36株M基因与TOR2株序列相同,5株存在同义突变,40株存在非同义突变。共有11个突变位点,其中9个非同义突变位点,2个同义突变位点。对非同义突变代表株Frankfurt1和TW5的M基因进行α螺旋和B细胞抗原表位预测,结果和基准株序列比,差异无统计学意义。结论SARS-CoVM基因虽然有随流行时间推移突变逐渐增大的趋势,但总突变率低,基因序列较稳定,且香港M旅馆相关毒株变异小于香港M旅馆无关毒株。变异对其抗原性无影响。