欧猥迭宫绦虫乳酸脱氢酶新基因识别及其结构与功能预测

？目的用生物信息学方法识别欧猥迭宫绦虫(Spirometraerinaceieuropaei,S.e)乳酸脱氢酶(LDH)全长cD-NA序列,预测其编码蛋白的结构与功能。方法用NCBI、EMBI、Expasy等在线网站对序列结构域、功能域等进行分析以识别基因,预测其蛋白序列理化参数、信号肽、抗原表位、拓扑结构等,三级结构同源建模应用Vector软件进行同源序列比对、构建进化树及三级结构模型分析。结果目标序列具有完整开放阅读框、L-LDH结构域及功能域、polyA,确定为LDH全长cDNA,命名为SeLDH(GU121968);该序列编码338氨基酸残基(aa),预测等电点为6.38,分子量为36028.6Da;与华支睾吸虫、日本血吸虫及人LDH的相似性分别为60%、59%及55%;有5个可能跨膜区域;主要线性表位中的185～191aa、223～235aa及328～338aa与人LDH相同区域差异明显;表位104～111aa与人LDH相同区域有1aa的差异,其上有NAD及底物结合位点,关键催化位点112R紧邻该区域;三级结构模型显示其在蛋白表面形成环状结构,3个关键催化位点及NAD、丙酮酸结合位点在该环状结构上或周围形成催化中心。结论获得SeLDH全长cDNA序列;该蛋白可能是膜蛋白;是理想的免疫诊断、药物作用及疫苗靶分子。