C型乙型肝炎病毒的全基因组序列分析

？目的探索乙型肝炎病毒(HBV)全基因组的结构特点.方法应用直接PCR基因分型法确定HBV基因型,然后随机选择1例单纯HBVC基因型感染的患者血清,分3个相互重叠片段扩增HBV基因并分别克隆测序.利用VectorNTISuite7.0软件包、GeneDoc2.6和TreeView1.5,将该3个基因片段拼接为全基因组序列,命名为BDHB1,并进行基因进化树分析和同源性比较.结果HBVC基因型序列全长为3215bp,其中A占222%,G占22.4%,C占26.8%,T占28.6%;有S、C、P和X区4个开放读码框架(ORFs);HBsAg亚型为adr;HBVRT区549～552aa为YMDD,未发生变异;未发现前C区nt1896G变异:BCP区nt1762、1764发生双突变.对HBV分段序列及全基因组序列进行基因进化树分析显示,BDHB1与HBVVC基因型的同源性最高.结论BDHB1基因组符合HBVC基因型结构特点,在BCP区存在双突变.分片段扩增再拼接可作为全基因组序列分析方法之一.