全部 标题 作者
关键词 摘要

OALib Journal期刊
ISSN: 2333-9721
费用:99美元

查看量下载量

相关文章

更多...

基于分子力学的蛋白质分子场可视化

DOI: 10.11834/jig.20100327

Keywords: 体绘制,分子场,静电势能,范德华势能,药物设计,分子对接,蛋白质

Full-Text   Cite this paper   Add to My Lib

Abstract:

分子场是研究分子结构与功能的重要工具之一,已经成为药物设计和分子对接的常规方法。分子间作用力分布在3维空间,现有的蛋白质显示方法,如范德华表面,分子表面,球棍模型等,都难以对分子间作用力进行空间可视化分析。分子间各种相互作用中,静电力和范德华力在许多生物过程中都扮演着重要的角色,对蛋白质静电相互作用和范德华相互作用的正确计算模拟有着重要的理论和实践意义。分子场的计算分析从蛋白质分子结构出发,先经过分子模拟采样计算得到分子场,再对分子场进行可视化分析,提出针对分子场特点的分步式传输函数设计法,直观地反映了分子场在空间的分布,对于分析蛋白质结构功能、了解分子间相互作用机理以及进行药物设计和分子对接都有重要作用。

References

[1]  Branden C,Tooze J,Introduction to Protein Structure,New York NY,USA:Garland Publishing,Inc,1998.
[2]  Goodford P J,A computational procedure for determining energetically favorable binding sites on biologically important macromoleculas,Journal of Medicinal Chemistry,1985(7).
[3]  Petray D,Honig B,GRASP2:Visualization,surface properties,and electrostatics of macromolecular structures and sequences,Methods in Enzymology,2003.
[4]  Chan P L,Dean P M,Molecular recognition:3D surface structure comparison by gnomie projection,Journal of Molecular Graphics,1987(2).
[5]  韩玮,汪莉,陈为,面向生物大分子的3维数据场特征分析与可视化初探,软件学报,2006(增刊).
[6]  唐泽圣,3维数据场可视化,北京:清华大学出版社,1996.
[7]  Kindlmann G,Durkin J W,Semi-antomatic generation of transfer functions for direct volume rendering,Research Triangle Park,North Carolina:ACM Press,1998.
[8]  William H,Andrew D,Klaus S,VMD:Visual molecular dynamics,Journal of Molecular Graphics,1996(1).
[9]  陈正隆,徐为人,汤立达,分子模拟的理论与实践,北京:化学工业出版社,2007.
[10]  徐筱杰,侯廷军,乔学斌,计算机辅助药物分子设计,北京:化学工业出版社,2004.
[11]  Leach A R,Molecular Modelling:Principles and Applications,Edinburgh,UK:Pearson Education EMA,2001.
[12]  Cruciani G,Molecular interaction fields,applications in drug discovery and ADME prediction,Weinheim,Germany:Wiley-VCH,2006.
[13]  Goodsell D S,Olsom A J,Molecular applications of volume rendering and 3-D texture maps,Chapel Hill,Noth Carolina:ACM Press,1989.
[14]  Wollacott A M,Merz KMJr,Haptic applications for molecular structure manipulation,Journal of Molecular Graphics and Modelling,2007(6).
[15]  Raymond K,Progress in the theory of mixed quantum-classical dynamics,Annual Review of Physical Chemistry,2006.
[16]  Parker S,Parker M,Livnat Y,Interactive ray tracing for volume visualization,New York,US:ACM Press,2005.
[17]  Kindlmann G,Transfer functions in direct volume rendering:Design,interface,interaction,Singapore:ACM Press,2002.

Full-Text

Contact Us

service@oalib.com

QQ:3279437679

WhatsApp +8615387084133