全部 标题 作者
关键词 摘要

OALib Journal期刊
ISSN: 2333-9721
费用:99美元

查看量下载量

相关文章

更多...
草业学报  2012 

玉米SSR引物和甘蔗EST-SSR引物在芒属中的通用性研究

, PP. 86-95

Keywords: SSR,EST-SSR,引物通用性,中国芒属植物,遗传多样性

Full-Text   Cite this paper   Add to My Lib

Abstract:

芒属种质资源是芒属能源作物新品种育种的基础。为了给开展芒属的相关遗传分析提供基础,本研究以中国芒属植物全部7个种类为材料,对382对玉米SSR引物和100对甘蔗EST-SSR引物的通用性进行研究以筛选有效的微卫星分子标记。筛选分前期筛选以获得初步有效的引物和后期使用这些初步有效的引物对全部供试材料进行扩增2个环节进行。结果表明,在全部84份供试材料中都能实现稳定PCR扩增且条带清晰、有多态性、能准确判读的玉米SSR引物和甘蔗EST-SSR引物分别为39对(10.21%)和13对(13.00%)。这52对引物在所有供试材料中扩增总共得到250条带。其中在芒属中产生220条带,而多态性条带为206条(93.64%),平均每对引物获得3.96条多态性条带。在扩增条带中,出现了不少特异性条带。基于全部250条带计算得到的遗传相似度(GS)为0.588~0.988。采用非加权类平均法聚类的结果表明,在GS=0.68水平上,中国芒属植物分为两大类:第一类由尼泊尔芒、双药芒、红山茅构成,第二类由芒、五节芒同荻、南荻组成;在GS=0.82水平上,芒与五节芒同荻与南荻分开;在GS=0.88时,芒与五节芒分开。结果初步表明中国芒属植物遗传多样性比较丰富。其中,芒、五节芒、荻和南荻的相似性较高,相似度为0.780~0.988,说明它们之间的遗传距离较近,而尼泊尔芒、双药芒、红山茅同这四者的遗传距离却较远。因此建议在中国芒属植物的遗传改良和新品种选育时,亲本选配可以适当考虑这三者,以拓宽杂交种的遗传基础。

References

[1]  Clifton-Brown J, Chiang Y C, Hodkinson T R. Miscanthus: genetic resources and breeding potential to enhance bioenergy production. In: Vermerris W. Genetic Improvement of Bioenergy Crops. New York: Springer Science, Business Media, 2008:273-294.
[2]  Sang T, Zhu W X. China’s bioenergy potential. GCB Bioenergy, 2011, 3(2): 79-90.
[3]  刘明稀, 蒋建雄, 易自力. 细胞工程技术在芒属能源作物上的应用. 草业学报, 2011, 20(4): 261-269.
[4]  侯新村, 范希峰, 武菊英, 等. 纤维素类能源草在京郊地区的经济效益与生态价值评价. 草业学报, 2011, 20(6): 12-17. 浏览
[5]  Chen S L, Renvoize S A. Miscanthus. In: Wu Z Y, Raven P H. Flora of China. Beijing & St.Louis: Science Press; Missouri Botanical Garden Press, 2006: 581-583.
[6]  Tautz D, Renz M. Simple sequences are ubiquitous repetitive components of eukaryotic genomes. Nucleic Acids Research, 1984, 12(10): 4127-4138.
[7]  Peakall R, Gilmore S, Keys W, et al. Cross-species amplification of soybean (Glycine max) simple sequence repeats (SSRs) within the genus and other legume genera: implications for the transferability of SSRs in plants. Molecular Biology and Evolution, 1998, 15(10): 1275-1287.
[8]  韩明利, 崔娜, 于志海, 等. 番茄果实EST资源SSR信息分析. 华北农学报, 2011, 26(4): 213-217.
[9]  魏利斌, 张海洋, 郑永战, 等. 芝麻EST-SSR标记的开发和初步研究. 作物学报, 2008, 34(12): 2077-2084.
[10]  Hernández P, Dorado G, Laurie D A, et al. Microsatellites and RFLP probes from maize are efficient sources of molecular markers for the biomass energy crop Miscanthus. Theoretical and Applied Genetics, 2001, 102(4): 616-622.
[11]  Tang J F, Gao L F, Cao Y S, et al. Homologous analysis of SSR-ESTs and transferability of wheat SSR-EST markers across barley, rice and maize. Euphytica, 2006, 151(1): 87-93.
[12]  陈永霞, 张新全, 谢文刚, 等. 利用EST-SSR标记分析西南扁穗牛鞭草种质的遗传多样性. 草业学报, 2011, 20(6): 245-253. 浏览
[13]  钟智林, 蒋建雄, 杨璐, 等. 玉米SSR引物在芒属植物遗传多样性分析的应用研究. 现代生物医学进展, 2009, 9(11): 2076-2079, 2119.
[14]  Hung K H, Chiang T Y, Chiu C T, et al. Isolation and characterization of microsatellite loci from a potential biofuel plant Miscanthus sinensis (Poaceae). Conservation Genetics, 2009, 10(5): 1377-1380.
[15]  马洪峥, 李珊珊, 葛颂, 等. 能源作物芒属双药芒组SSR引物的筛选及其评价. 生物多样性, 2011, 19(5): 535-542.
[16]  Zhou H F, Li S S, Ge S. Development of microsatellite markers for Miscanthus sinensis (Poaceae) and cross-amplification in other related species. American Journal of Botany, 2011, 98(7): 195-197.
[17]  Ho C W, Wu T H, Hsu T W, et al. Development of 12 genic microsatellite loci for a biofuel grass, Miscanthus sinensis (Poaceae). American Journal of Botany, 2011, 98(8): 201-203.
[18]  Doyle J J, Doyle J L. A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin of the Botanical Society of America, 1987, 19: 11-15.
[19]  Rohlf F J. NTSYS-pc: Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, version 2.1. Setauket, New York, USA: Exeter Publishing Ltd, 2002.
[20]  宿俊吉, 柴守诚, 刘伟华, 等. 普通小麦SSR和EST-SSR引物对冰草通用性的比较分析. 西北植物学报, 2007, 27(7): 1311-1316.

Full-Text

Contact Us

service@oalib.com

QQ:3279437679

WhatsApp +8615387084133