刺五加叶绿体基因组密码子的用法分析

目的:分析刺五加叶绿体基因组密码子的使用方式及其影响因素。方法:以刺五加叶绿体基因组的52条编码基因为材料,利用CodonW和SPSS软件进行多元统计分析和对应性分析。结果:刺五加叶绿体基因组密码子3个位置GC的量依次为46.46%,38.26%,29.88%,其中GC1与GC2呈极显著相关关系(P<0.01),GC12与GC3的相关系数为0.205,未达到显著水平。同义密码子的相对使用频率(relativesynonymouscodonusage,RSCU)>1的密码子共30个,其中29个以A或T碱基结尾。对应性分析的结果表明:第1轴显示了10.35%的差异,与有效密码子数(effectivenumberofcodons,ENC)和GC3显著相关,相关系数分别为-0.288,0.353;确定了刺五加叶绿体基因组的16个最优密码子。结论:刺五加叶绿体密码子第3位偏好以A或T碱基结尾,密码子使用模式受选择和突变及其他因素共同影响,其中选择的作用略大。