冬小麦小RNA高通量测序及生物信息学分析

？东农冬麦1号是我国首例可在黑龙江高寒地区种植的强抗寒冬小麦(Triticumaestivum)品种。鉴于分蘖节的耐寒程度直接影响植株的安全越冬,且MicroRNAs是一类生物体内普遍存在的非编码内源小分子RNA,在植物的生长发育和适应胁迫等过程中具有重要作用,该文基于HiSeq深度测序原理,对5°C和–10°C胁迫下的东农冬麦1号分蘖节进行测序,并开展生物信息学分析。结果表明,在5°C文库中有2229955条特有小分子RNA序列,并检测到35条已知miRNA,属于30个miRNA家族,其表达丰度介于1–173810之间;在–10°C文库中有3721449条特有小分子RNA序列,并发现29条已知miRNA,属于24个miRNA家族,其表达丰度为1–105868。靶基因预测结果表明,5°C文库的30个miRNA家族中共预测到53个靶基因。功能分析结果显示,这些基因主要参与转录调节、新陈代谢、胁迫响应和信号转导等过程。已知小麦miRNA的类型和表达丰度在5°C和–10°C两个文库中均有较大差异。