15种鱼转铁蛋白cdna序列密码子使用比较分析

运用dnamanv4.0分析软件，对克隆的鲫鱼血清转铁蛋白cdna序列与文献中的14种鱼转铁蛋白cdna序列的同源性、密码子使用频率和密码子使用偏性进行分析，结果表明：鲤形目鱼类tf的cdna序列同源性在46％以上，而鲑形目鱼类tf的cdna序列同源性在34%~99％之间，变化较大。密码子使用频率越高或使用偏性越小，说明该密码子编码的氨基酸对蛋白质空间结构的形成和基本生理功能的影响也越重要；在进化上分化时间越早的物种，密码子使用频率和使用偏性的差异较小，反之则较大；在同源性方面，在进化上比较接近的物种，基因的密码子使用频率和使用偏性指标比较接近或基本相同。根据对15种鱼tf的cdna序列同源性和密码子分析，推测tf基因的进化顺序是：鲤形目、鳕形目、鲑形目和鲽形目。