甜瓜est-ssr位点信息及标记开发

对genbank中35547条甜瓜est进行净化处理,得到总长度为2.5×107bp的无冗余est34408条。从这些序列中发现2877个ssr,分布于2119条est中,出现频率为8.36%,分布密度为1/8.72kb。单碱基、二碱基和三碱基重复是主导重复类型,分别占est2ssr总数的16.61%、22.49%和46.09%。a/t、ag/ct和aag/ctt分别是单碱基、二碱基和三碱基的优势重复基元,分别占15.88%、16.02%和28.61%。在所有的est-ssr中,69.10%的重复次数为4～10次,51.34%的长度为12～20bp。设计了30对est-ssr引物,分别对33份甜瓜自交系进行了pcr扩增,24对引物能够扩增出期望长度的条带,22对引物产物表现多态性,平均每对引物能检测到2.73个等位基因。这些引物能比较准确地将甜瓜材料聚为不同类别。24对引物中,有19对、16对和15对分别在黄瓜、西瓜和葫芦中通用。以上结果说明,从甜瓜est中开发ssr标记是一条简便、可行的途径。