黄瓜属ty1-copia类逆转座子逆转录酶序列的克隆及分析

根据ty1-copia类逆转座子逆转录酶的保守区设计简并引物，通过pcr扩增，从黄瓜属野生种酸黄瓜（cucumishystrixchakr.）和栽培黄瓜（cucumissativusl.）中均扩增出260bp左右的目标条带。扩增产物经纯化后克隆于pgem-teasy质粒载体，选择阳性克隆，再经菌落pcr鉴定，然后进行测序及序列分析。本文获得了21条来源于酸黄瓜和栽培黄瓜的逆转录酶序列，通过核苷酸聚类分为5个家族。这些核苷酸序列具有较高的异质性,主要表现为缺失突变，序列长度变化范围为255～272bp，同源性范围为27.0%～98.1%。翻译成氨基酸后，有4条序列出现终止密码子突变，6条序列表现出移框突变。将这些逆转录酶的氨基酸序列与已登陆的不同物种同一类型逆转录酶的氨基酸序列进行聚类分析，表明它们可能有共同的起源。