白菜est-ssr信息分析与标记的建立

数量迅速增加的est为开发新的ssr标记提供了宝贵的资源。本研究对4584条白菜est进行了搜索,共检索出474个ssr,检出率为10.3%,包括40种重复基元。其中二核苷酸和三核苷酸重复单元的est-ssr占主导地位,二者出现的频率基本相近,占总ssr的近83%;其它重复类型所占比例均不足5%。ga和gaa是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复类型的71.5%和37.5%。设计了15对est-ssr引物,在合适的pcr反应体系下,以构建est的白菜自交系a的dna为模板,对设计的est-ssr引物进行筛选,发现15对est-ssr引物都能扩增出产物。进一步用这些可扩增的引物对28个白菜品种进行pcr扩增,发现7对引物显示多态性,占引物总数的46.7%。此结果表明,根据est建立est-ssr标记是一条简便而又有效的途径。