牡丹line类反转录转座子rt序列的克隆及分析

利用line简并引物从中原牡丹品种‘洛阳红’中扩增出580bp左右的目的条带，对其回收、克隆、测序及相关生物信息学软件分析后获得32条line类牡丹反转录转座子rt（反转录酶）序列。这些序列长度为547~593bp，主要表现为点突变，经clustalw比对其同源性为25.7%~94.2%。将其核苷酸序列经聚类后可分为4个家族，其中家族ⅰ和ⅲ分别占总序列数的50%和28%。将32条rt序列翻译成氨基酸序列，在第18氨基酸序列处有1个非常保守的的甘氨酸（gly），在138氨基酸序列处有1个半保守的赖氨酸（lys）位点。32条序列均发生较多的终止密码子突变和移码突变。与其他物种的系统进化树分析，表明牡丹line类反转录转座子rt序列既有一定的保守性，同时也与其他物种间存在一定的同源性。