鸟巢蕨转录组高通量测序及分析

采用新一代高通量测序技术illuminahiseq2000对鸟巢蕨转录组（aspleniumnidus）进行测序，共获得29254595个序列读取片段（reads），包含了5908586517个碱基序列（bp）信息。对reads进行序列组装，共获得42907个单基因簇（unigene），平均长度936bp，序列信息达到了40.16mb。数据库中的序列同源性比较表明，24993个unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨转录组中的unigene根据go功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支，其中有大量的unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将unigene与cog数据库进行比对，根据其功能大致可分为24类。kegg数据库作为参考，依据代谢途径可将unigene定位到116个代谢途径分支。ssr位点查找发现，从42907个unigene中共找到6067个ssr位点。ssr不同重复基序类型中，出现频率最高的为ag/ct，其次是ac/gt、a/t和agg/cct。针对这些序列，设计了20对引物进行了扩增效率和多态性检测，其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。