梨反转录转座子逆转录酶序列预测及其进化和转录分析

基于生物信息学方法对‘酥梨’基因组中不同类型的逆转录酶进行预测，共获得345条copia类和99条gypsy类逆转录酶。通过系统聚类，copia类逆转录酶可分为ivana、ale、tar、angela、maximus和bianca等6类；gypsy类逆转录酶可分为athila、tat、crm、reina和tekay等5类。序列比对结果显示梨中逆转录酶具有较高的异质性，copia类逆转录酶序列分歧度为0.44，gypsy类为0.38。挑选出8类逆转录酶设计引物，并对梨属其它植物进行pcr扩增，结果显示这8类逆转录酶广泛存在于梨属植物中。在砂梨品种‘圆黄’的叶片、种子和果实中均发现该8类逆转录酶存在一定的转录水平，这是首次发现在梨属植物正常生长组织中逆转录酶发生转录。