辣椒转录组ssr挖掘及其多态性分析

利用ssr检索程序从两个辣椒转录组共221037条unigenes（97.3mb）中筛选得到17319个ssr位点（7.83%），其发生频率为1/56kb。其中以单核苷重复基序为主导类型，占总ssr的56.30%；其次是二、三核苷酸重复基序，其出现频率分别为19.16%和23.18%。对所有含ssr位点est序列设计的10468对引物进行e-pcr多态性检测，获得1538对e-pcr多态性引物。随机选取20对引物进行验证，其中7对（36.84%）在10个不同类型辣椒材料中表现出多态性，pic值范围为0.33~0.89，平均为0.67，将10个辣椒材料分为3类。这些潜在的多态性est-ssr的开发为辣椒遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。