萝卜est资源的ssr信息分析及est-ssrs标记开发

从ncbi数据库下载了287349条萝卜est序列，经预处理后得到无冗余est序列58105条，全长38622.476kb。利用misa搜索ssr位点，得到含有ssr位点的est序列3523条，共3718个ssr，平均每10.39kb就出现1个ssr。分析发现萝卜est序列中存在265种重复基元类型，其中二、三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型，二核苷酸中以比例高达91.34%的ag/ct重复基元为主；三核苷酸中主导的重复基元类型是aag/ctt，比例为35.86%；六核苷酸中，存在两种主要的重复基元，分别为aaggag/cctctt和aagagg/ccttct，所占比例为12.78%。这些结果表明，萝卜est-ssrs出现频率较高，类型丰富，具有良好的多态性潜能和开发利用价值。使用primer3.0批量设计，并以不同主导重复基元类型初步合成183对est-ssr引物，以12份典型萝卜种质、1对亲本及其f1的基因组dna为模板，对其有效性进行验证，筛选出有清晰扩增产物的引物159对，其中具多态性引物64对；在试验亲本及其f1中表现多态性的引物30对，共显性引物27对。