茶树抗寒调控转录因子ice1密码子偏性分析

运用chips、cusp和codonw软件程序分析自主克隆的茶树（camelliasinensis）ice1（genbank登录号jx029153）的密码子的偏性，并与茶树基因组及萝卜等7种植物的ice1密码子偏性进行比较。结果表明，茶树ice1偏好于以a/t结尾的密码子；与茶树基因组密码子偏性相比，发现只有6种氨基酸密码子偏性完全一致。进一步研究发现ice1的碱基组成在单子叶植株大麦与7种双子叶植物分化后发生了较大的变化。在聚类分析中，基于基因cds序列的聚类不能正确反映物种间的进化关系，而基于密码子偏性参数相对密码子使用度（rscu）的聚类更适合作为系统发育分析的参考。与3种外源受体密码子使用频率比较发现，与大肠杆菌基因组密码子使用频率差值较大的有25个，与酵母基因组差值较大的有15个，与拟南芥基因组差值较大的有10个，这预示着ice1在拟南芥中的表达效率最高，若要在其他外源受体中进行高效表达，尚需对其密码子进行优化。