杏est-ssr标记的开发

利用misa软件对ncbi上杏的15387条est序列进行ssr位点查找，发掘出含有ssr位点的序列1073条，共有1353个ssr位点，候选ssr位点出现的频率为8.79%。二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型，分别占23.50%、38.80%和23.43%。设计了50对est-ssr引物并进行pcr扩增，发现40对引物能扩增出理想的pcr产物，其中有25对引物能够扩增出多态性带。随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析，发现有57.1%的片段具有相应的ssr位点，对梅dna指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的ssr位点。根据推算，从杏est中开发ssr标记的开发效率为3.98%。进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种，16个花梅品种以及8个果梅品种进行dna指纹构建与遗传多样性分析，结果表明，来源于杏的est-ssr引物在梅中有很高的通用性，杏和梅是遗传差异明显的两种植物，果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物。