甘蓝est-ssr标记的开发与应用

从ncbi数据库下载62567条甘蓝相关est，处理后得到19611条无冗余的est，对其进行ssr搜索，共得到1219条ssr，分布在1176条est上，分布密度为1/11.48kb，包括273种重复基元。在甘蓝est-ssr中，二核苷酸（353个ssr）和三核苷酸(423个ssr)占主导地位，所占比例分别为28.96%和34.70%；出现最多的重复基元是ag/ct，占总数的25.59%，其次为aag/ctt（94个，占7.71%）。针对1176条含有ssr的est设计合成了978对引物。用两份甘蓝自交系对978对引物进行初筛，897对引物有扩增产物，共扩增出1026条扩增带；128对引物表现出多态性，共有258条多态性带（占总带数的25.15%）。利用4对多态性引物，初步构建了中甘11、8398、中甘15、中甘21杂交新品种及其亲本的指纹图谱。以上结果说明从甘蓝相关est数据库中开发的ssr引物有较好的可用性。