二穗短柄草叶绿体RNA编辑位点的预测及其鉴定

RNA编辑是陆生植物叶绿体转录后基因表达调控的一种重要方式。为进一步探讨单子叶植物RNA编辑功能及其发生机制，本研究通过生物信息学方法，对二穗短柄草叶绿体的81个蛋白编码基因的RNA编辑位点进行了预测和鉴定分析，结果发现78个基因存在编辑位点，共检测到176个编辑位点，都是C到U的转换。其中ndhB最多，为14个编辑位点。为验证预测结果，利用blast工具比对了NCBI的二穗短柄草EST数据库，最终确定存在于17个基因中的34个编辑位点是真实存在的，其中19个为沉默编辑，15个为有效编辑。与5个不同单子叶禾本科物种18个蛋白编码基因的RNA编辑位点的比较发现，在rpoB206位点，只有二穗短柄草发生了编辑，且只有ndhD295(293)为部分编辑位点。