芍药AP1(APETALA 1)基因密码子使用的偏好性分析

在前期克隆芍药AP1基因(登录号为KC354376)的基础上，运用CHIPS、CUSP和CodonW在线程序，分析芍药AP1基因的密码子偏好性，并与其他物种的AP1基因以及模式生物的基因组进行比较。结果表明，芍药AP1基因大部分偏好使用以A/T结尾的密码子，29种偏好密码子(RSCU值>1)中，偏好性较强的有CCA、AGG、TCA、GTT(RSCU值≥2)；通过比较12种植物的AP1基因密码子偏好性，发现AP1基因在芒果和梨中的表达水平相对较高，而在芍药和牡丹等植物中的表达水平一般，并且大多偏好以A/T结尾的密码子，这可能与该基因的特殊功能有关；聚类分析结果表明，芍药科中芍药与牡丹聚为一类，梨和碧桃聚为一类；在密码子的使用频率上，芍药AP1基因与酵母基因组的差异小于与大肠杆菌和拟南芥基因组的差异，酵母真核表达更适合作为芍药AP1基因的外源表达系统。本研究结果可为芍药AP1基因在遗传改良中选择合适的受体植物、选择较佳的外源表达系统以及提高该基因的表达水平提供参考依据