基于β-连环蛋白基因的分子标记甄别海蜇(Rhopilema esculentum)和沙海蜇(Nemopilema nomurai)

采用转录组454 GS FLX 测序和PCR 技术, 以海蜇(Rhopilema esculentum)和沙海蜇(Nemopilema nomurai)的基因组DNA 为模板, 分别克隆了包含EST-SSR 和EST-SNP 标记的 β-连环蛋白基因目的片段。生物信息学分析显示, 海蜇和沙海蜇的β-连环蛋白基因目的片段长度分别为166/169 bp 和157/160 bp, 均没有内含子。海蜇个体之间β-连环蛋白基因目的片段除了微卫星重复差异外, 只有一个碱基的差异; 沙海蜇个体之间除了微卫星重复差异外, 其余完全一致。在海蜇和沙海蜇β-连环蛋白基因目的片段的相同位置均包含微卫星重复, 但其重复单元截然不同: 海蜇为:(TGC)4-6(TGT)1-2(TGC)4-5, 而海蜇为(TGT)5-6。同时两物种间还存在14 个单核苷酸多态位点: (T/C)1,(T/C)2, (C/T)3, (C/T)4, (C/T)5, (T/G)6, (G/C)7, (T/G)8, (A/G)9, (C/T)10, (G/A)11, (A/G)12, (C/T)13, (A/T)14。聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱也直接客观地反映了两个群体之间目的片段的长度和微卫星多态性差异。上述结果显示, EST-SSR 和EST-SNP 标记的β-连环蛋白基因目的片段, 可以作为一种简单、有效的分子标记, 快速、准确地识别不同发育阶段的海蜇和沙海蜇。