翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测

本研究采用高通量测序技术进行了翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)转录组学研究, 并扩增分析了EST-SSR 分子标记的多态性, 以期保护翘嘴鳜种质资源及良种选育, 发掘其功能性SSR 分子标记。结果表明, 在翘嘴鳜转录组测序得到的51245 条unigenes 中共检测出14094 个EST-SSR 位点, 分布于35285 条Unigenes 中, 出现频率为27.51%。翘嘴鳜转录组EST-SSR 位点的序列总长度达到195086bp, EST-SSR 位点长度分布从10—25 个碱基不等, 平均长度13bp; 翘嘴鳜转录组EST-SSR 位点共有90 种重复基元; 其中, 二核苷酸和三核苷酸重复单元是主导类型, 分别占总SSR 的30.62%和14.23%, 且GT/AC、AAG/CCT 分别占总SSR 的32.12%和6.36%。随机选取100 对经济性状相关EST-SSR 引物的扩增产物中有24.7%表现为多态性, 可作为功能性SSR 分子标记开发。