小黄鱼(Larimichthys polyactis)线粒体基因组结构与特征

采用长片段扩增策略, 获得鲈形目石首鱼科黄鱼属小黄鱼的线粒体基因组全序列。组装分析结果表明, 其长度为 16470bp, H 链碱基组成呈明显反 G 偏倚, G 含量仅为 16%。13 个蛋白质基因起始密码子均为 ATG。COI 基因的终止密码子为 AGA, ND1 和 ND3 基因为 TAG, COII、ND4 和 Cyt b 基因为不完全终止密码子 T, 其余 7 个基因都是完整的 TAA。在小黄鱼 mtDNA 中发现 2 个特殊发夹结构, 一个是轻链复制起始区(OL)的发夹环, 位于tRNA簇, 环区T含量仅为9%, 而G含量达45%, 这与哺乳动物和爪蟾该区域富含 T 有所不同。另一个假定发夹结构位于 ATP6 基因末端, 这种二级结构可能与准确转录有关。该 mtDNA 控制区长度为 799bp, 5′端含有 9 个连续 TA 串联重复和 2 个5′-ATGTA---TACAT-3′重复, 与已报道的鱼类扩展终止相关序列模式恰恰相反; 中央控制区仅识别出CSB-E 结构; 保守序列区含有 CSB-1, 2, 3, 其中 CSB-2 具有高度保守性。对小黄鱼和大黄鱼的mtDNA 比较进化研究, 根据分子钟假说, 估计二者线粒体基因组的进化分歧时间为 4.8 百万年前。