南极磷虾(Euphausia superba)线粒体基因组特征及其分子标记应用

为揭示南极磷虾(Eupahusia superba)(甲壳动物:软甲纲:磷虾目)线粒体基因组特征,及通过比较不同海域南极磷虾的线粒体基因组探讨潜在的分子标记,采用Long PCR扩增技术获得采自普里兹湾(Prydz Bay)南极磷虾线粒体基因组DNA,综合Primers-walking和Shotgun方法进行测序;通过生物信息学软件(DOGMA、tRNAscan-SE1.21和DnaSP4.10.7等)进行基因预测及序列分析。南极磷虾线粒体基因组全长15498 bp以上(部分非编码区未测定),包含13个蛋白编码基因、2个核糖体RNA基因和23个转运RNA基因。与后生动物线粒体基因组标准的基因组成相比,存在1个trnN基因的重复。南极磷虾线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列相比,出现4个转运RNA基因的易位: trnL1、trnL2、trnW和trnI以及1个trnN的重复。比较采自普里兹湾(Prydz Bay)和威德尔海(Weddell Sea)南极磷虾的线粒体基因组,作者发现在南极磷虾线粒体基因组的主编码基因中,变异最大的是nad2基因,差异位点高达61个,其次是nad5基因,差异位点有12个；而cox1基因的变异位点仅有3个。Nad2基因和nad5基因可作为cox1基因辅助的分子标记，用于分析南极磷虾不同地理种群之间的遗传多样性，为合理利用南极磷虾生物资源提供保障。