基于线粒体CO1 基因的DNA 条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用

采用CO1 基因特异扩增测序及与GenBank 已有序列联配分析的方法, 进行了石首鱼科19属30 种鱼类75 个CO1 基因片段的序列比较和系统进化研究, 结果表明, 石首鱼科鱼类该片段的平均GC 含量为48.3%, 其中第2 密码子位点含量最高(51%—58.4%, 平均56.6%), 第1 密码子变化范围最大(27.6%—54.1%, 平均44.9%), 第3 密码子差别较小(41.6%—43.6%, 平均42.7%)。依据Kimura-2-parameter 模型, 30 种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006, 种间为0.210, 种间遗传距离是种内的35 倍; 在分子系统树上, 28 个种(93.3%)可形成单系, 18 个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是, 由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C. niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平, 灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名, 而红牙(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平。本研究证明线粒体CO1 基因可作为DNA 条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定, 亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题。