刺参(Apostichopus japonicus)EST 序列中微卫星分布分析及其标记的筛选

利用微卫星查找软件对现已公布的6632 条刺参ESTs 的数据库中2—6 个碱基重复单元组成的简单序列重复进行筛选, 进而对其微卫星的丰度和分布进行比较研究。共发现微卫星序列416个, 占整个ESTs 数据库的6.48%; 其中含双碱基重复序列146 个, 数量最多, 占ESTs 数据库中发现微卫星序列总数的65.86%; 三、四、五、六碱基重复序列分别占微卫星序列总数的26.68%、1.68%、0.24%、5.53%。对含有SSR 位点符合微卫星引物设计的EST 序列利用Primer 软件结合人工方法设计合成引物21 对, 其中13 对有扩增产物且均为多态位点。扩增产物变性聚丙烯酰胺胶电泳, 统计每个微卫星标记等位基因数目, 计算等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度等统计学指标的评价。结果表明, 在13 个微卫星位点上, 等位基因的数目从3 到8 不等, 等位基因长度从175—382bp, 观测杂合度和期望杂合度分别为0.158—0.650 和0.198—0.841, 所筛选微卫星标记可于遗传分析。