泥蚶(Tegillarca granosa)基因组SSR和EST-SSR的开发及比较研究

采用SSRHunter软件在泥蚶(Tegillarca granosa)磁珠富集文库和454转录组文库中搜索核心序列长度12bp以上的2—6核苷酸重复序列, 根据富集文库所得基因组SSR侧翼序列设计47对引物, 可成功扩增17对且均为多态性引物, 多态率100%, 平均等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为6.8、0.468、0.785、0.733。11344条EST序列中得到1683个SSR位点, 检出率14.83%, 平均每3.85kb出现1个位点。根据部分EST序列设计120对引物, 62对可扩增出目的片段, 其中29个位点具有多态性, 多态率为46.77%, 平均Na、Ho、He、PIC分别为4.2、0.372、0.554、0.500, 均低于基因组SSR。双变量相关性分析的结果表明, 46个多态性SSR位点的核心序列长度与其Na、Ho、He、PIC极显著正相关, Spearman相关系数分别为0.632、0.387、0.657、0.664。