序列比较分析揭示水稻Pms1区段的基因组快速进化

前人研究将水稻光敏核不育位点Pms1定位在第七染色体上.本研究对来源于定位亲本(明恢63和农垦58)的两个BAC克隆进行比较测序来鉴定Pms1的候选基因,通过对两个克隆的注释和比较分析我们得到五个候选基因以进行进一步的功能检验.我们还将这两个亲本的基因组序列与公共数据库里的日本晴和93-11的进行了比较分析.分析表明,该区段四个亲本在序列组成上存在巨大差异,这种差异主要归咎于活性反转座成分造成的基因组新近增长和变异;亚种内和亚种间以Indel或者SNP的形式存在高度的多态性.利用反转座成分的两个长末端重复进行分析发现它们的替换速率比已有文献报道要高得多.该结果证明在自然和人工选择的共同作用下,Pms1区段正处于快速的基因组进化过程中.