分子动力学中平行六面体的邻位算法

在分子动力学模拟中,Verlet列表法、元胞链接列表法和其他一些改进的算法已经被用来提高计算效率.然而,这些方法大部分应用在立方体系.本文扩展了原始算法的应用领域,使其适用于NP系综,并可以在外载荷作用下进行系统仿真.此外,对于Metric-tensor的压强算法提出相应的标度矩阵,使得邻位算法可以应用在新的压强算法上.同时,还针对平行六面体盒子提出了一种联合算法.该方法综合了改进的Verlet列表法和元胞列表法的优点,可以快速确定平行六面体盒子中每个原子的邻位原子,从而提高仿真速度.最后,利用Lennard-Jones势函数的分子动力学模拟实验验证了本算法的有效性和正确性.