鸡传染性支气管炎冠状病毒北京分离株全基因组序列的测定及其特征分析

鸟类传染性支气管炎病毒(AIBV)属于冠病毒科,冠状病毒属,是单股线状、正链RNA病毒,基因组全长近28kb,具有3′多聚A尾和5′帽子结构的特征.采用PCR产物克隆测序和引物步移(primerwalking)直接测序结合的方法,完成了IBV北京分离株的全基因组序列的测定.该毒株基因组序列全长为27733bp,生物信息学分析表明,它具有10个明显的可读框(ORF);通过基因定位后其基因排序为5′-orf1a-orf1ab-s-3a-3b-e-m-6a-6b-n-3′.对IBV北京分离株的全基因组序列,与报道的IBV及造成人类严重急性呼吸综合征(SARS)的病毒(SARS-CoV)进行了比较分析.结果表明,AIBV是一种变异较大的病毒,其全基因组序列与国外公布的AIBV全基因组序列相似性仅有85.2%,与国内报道的不完整AIBV序列比较,相似性也只有91.2%;而与SARS病毒基因组全序列比较,相似性仅为50.8%,说明它与SARS-CoV关系不大.同时,还使用clustalw1.81和Treeview软件构建了冠状病毒的全序列、S蛋白、M蛋白和N蛋白的系统发生树,结果表明,鸡IBV北京分离株是第3组病毒的惟一成员,它与SARS-CoV存在很大的遗传距离.这项研究将对我国鸡传染性支气管炎病原的鉴定和疾病的控制起到重要的作用.