从大豆疫霉菌ESTs中发掘SSR标记

通过对5800条大豆疫霉菌EST进行电子查询,在369条EST中发现415个SSR.在筛选的EST序列中SSR平均密度为每8.9kb含有1个SSR.在鉴定的SSR中,三核苷酸重复基元的SSR类型最多,占鉴定总数的50.1%,四核苷酸重复基元的SSR类型最少,为8.2%.设计40个SSR引物对对5个大豆疫霉菌菌株基因组DNA进行PCR扩增,有33个引物对扩增出SSR特征条带,其中有28个引物对扩增出在预期片段大小范围之内的条带.在33个功能性引物对中,有15个引物对在5个大豆疫霉菌菌株间扩增出多态性,多态性引物对占45.5%.基于SSR标记进行聚类分析,可将5个检测大豆疫霉菌菌株划分为不同的3个组.本研究建立了大豆疫霉菌的SSR标记,为大豆疫霉菌及相关属种的鉴定、遗传变异、分子作图等研究提供了一种更加有效的分子标记系统.