求解蛋白质折叠问题的拟人算法:对PERM的改进

PERM(Pruned-Enriched-RosenbluthMethod)是目前文献中依格点模型求解蛋白质折叠问题的最高效算法.给出了PERM算法的一种拟人解释,对算法中的权重及预测值进行了拟人化的改进,并对选择动作时不同情况下的权重计算公式进行了统一.综合这些策略得到了改进的PERM算法——人口控制算法.该算法在计算效率上有了明显的提高对当前文献中公认的最难的4个算例的计算都达到了最优解,计算速度较PERM提高了几倍至几百倍.对于这4个难例中的3个,还找到了迄今为止文献中所没有的全新的最低能量构形.