利用亚细胞位置特异的基因功能模块与表达调控网络识别疾病特征基因

利用GeneOntology中的生物过程(biologicalprocess)及细胞组分(cellularcomponent)两种分类体系,选择显著聚集差异表达基因的复合功能模块,识别其中能够有效分类疾病样本的特征功能模块,以特征功能模块中的差异表达基因作为特征并分析它们与疾病的相关性.对前列腺癌、胃癌和白血病数据的分析结果表明,基于特征功能模块的特征基因选择方法可以识别与疾病高度相关的功能一致的特征基因.进一步的分析显示,根据特征功能模块和基因表达调控信息构建基因表达调控网络,可以从中挖掘可能的疾病关键特征基因,并提示对复杂疾病同时应答的多功能模块间协同作用关系机理研究的重要线索.同时,本研究结合基因功能分类的疾病特征基因选择方法提示了一种高准确度的疾病分类方法,分类结果有明确的生物学意义,对复杂疾病的分子病理学研究亦有重要的意义.