H5N1亚型禽流感病毒血凝素裂解位点碱性氨基酸对应mRNA核苷酸的二级结构分析

以H5N1亚型禽流感病毒(avianinfluenzaviruses,AIV)毒株血凝素(hemagglutinin,HA)蛋白裂解位点碱性氨基酸为研究对象,研究其密码子的偏好性及对应mRNA序列折叠二级结构的特点.将mRNA样本按照序列等步长递增的方法,用RNAstructure4.1程序预测这些样本的动态延伸折叠二级结构.结果表明,裂解位点的碱性氨基酸对富含腺嘌呤(A)的密码子有强烈偏好;与碱性氨基酸对应的mRNA片段上的核苷酸主要位于折叠二级结构的单链环区,极少数位于配对螺旋区.此外,本研究还从理论上提出了防治H5N1亚型AIV感染的对策,考虑以位于环区的mRNA核苷酸,运用RNAi的方法阻止H5N1亚型AIV的HA的表达.