茶尺蠖小RNA病毒5'端非编码区的克隆和测序及与哺乳动物小RNA病毒的比较分析

用Trizol从纯化的茶尺蠖Ectropisoblique小RNA病毒（EoPV）中提取病毒基因组RNA，逆转录后加poly(dT)，然后进行两步PCR扩增基因组5′端。克隆测序后，对其5′端非编码区的核苷酸序列进行分析，发现具有哺乳动物小RNA病毒的5′端非编码区的一些特征：A/T含量丰富、起始密码子上游AUG和小顺反子多。利用mfold预测了EoPV5′端非编码区的二级结构，存在4个茎环结构，有哺乳动物内部核糖体进入位点（IRES）的保守区域，即含保守基序GNRA的茎环A和A/C丰富的环B及多聚嘧啶区域。据此推测EoPV基因组翻译采用IRES起始机制。