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ISSN: 2333-9721
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菌物学报  2014 

木霉属补充DNA条形码筛选

DOI: 10.13346/j.mycosystema.140164, PP. 1253-1262

Keywords: 种内与种间序列差异,PCR扩增与测序成功率,rpb2

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Abstract:

木霉属真菌是一类重要的生物资源,在工农业、环境保护等方面具有较高经济价值,对其进行快速、准确的物种鉴定兼具理论意义和应用前景。以木霉属35个概念清晰的种为材料,选择ITS、rpb2和tef1作为候选基因序列,利用TaxonGap对231个序列片段进行分析,将种内与种间序列差异以及序列获取难易程度作为评价指标,筛选该属的补充条形码片段。结果表明,rpb2具有适宜的种内与种间序列差异,其最小的种间差异(2.48%),大于最大种内差异(1.8%),种内、种间遗传距离存在明显的间隔区,并且该基因序列具有较高的PCR扩增与测序成功率(94.4%);ITS和tef1基因序列的种内与种间序列差异之间存在交叉重叠。因此建议rpb2作为木霉属的补充DNA条形码序列。

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