利用生物信息学方法进行基于表达序列标签的玉米单核苷酸多态性标记的开发

针对简单重复序列（SSR）标记密度不足、单核苷酸多态性（SNP）标记开发一般只基于2种基因型的序列差异，用以检测其他基因型的材料时多态性不高，不能满足玉米基因精细定位需要的现状，本研究从公共数据库下载来自不同遗传背景的玉米表达序列标签（EST），结合运用各种生物信息学软件，开发基于EST序列的高多态性SNP标记。通过对2018530条EST序列的比对分析，拼接发掘出遍布全基因组的80363个SNP位点。在SNP位点两侧保守序列上设计PCR引物，开发出12388个SNP标记（www.sicau.edu.cn/web/yms/snp/snp.html），包含34721个SNP位点。其中，6008个标记只含单一SNP位点，12762个位点的多态性信息含量（PIC）大于04，具有高度多态性。