核桃BES-SSR的开发及在遗传多样性分析中的应用

从NCBI数据库全部已知核桃MboI基因组BAC文库克隆中下载22740条末端序列(BACendsequences,BES)。应用MISA软件搜索获得SSR位点4732个,平均每2.8kb出现1个SSR。在含有单个SSR的BES中,1~3个核苷酸重复的类型占SSR总数的96.86%,A/T、AT/AT、ATT/AAT分别为最丰富的单核苷酸、2核苷酸和3核苷酸重复。选择不同类型和重复次数的SSR设计合成50对引物,从中筛选出多态性引物33对,其中19对引物扩增出1或2个等位基因,无非特异扩增产物。应用这19对引物对20份核桃属不同种的基因型进行SSR分析,结果表明,每对引物检测到2~9个多态性位点,平均多态性位点5.4个;其中17个位点的多态信息含量高于0.5,总平均值为0.662,多态性较高。聚类分析显示,不同基因型按照种属分类及地理起源分组。因此,BES-SSR是一类多态性高,可用于核桃属植物遗传分析的新SSR引物。