WolbachiapipientiswMel基因组水平上的密码子使用分析

本实验检测了黑腹果蝇的专性寄生菌WolbachiapipientiswMel基因组的密码子使用模式,并推测影响其密码子组成的因素.选择了478条蛋白编码基因作为研究对象,它们的GC含量比较低,约0.282~0.432.本研究结果显示,关联突变(context-dependentmutation)是影响W.pipientiswMel基因组密码子组成的主要因素.同时,Nc-Plot曲线显示,基因组的密码子组成还受到了核苷酸组成偏好性(nucleotidecompositionbias)的影响.对应分析的结果显示,基因长度(R=0.123,P<0.01)和基因表达水平(R=-0.312,P<0.01)也对基因组的密码子使用偏好性起到了一定的作用.因此,关联突变、核苷酸组成、基因长度和基因表达水平都会影响到基因组的密码子使用偏好性.Wolbachia基因组的几个特征和动物线粒体基因组具有较高的相似性,而且现在已有报道说明它们有共同的起源,但仍需进一步验证.