粪产碱菌nifH,nifD和部分nifK的克隆、定位及序列分析

提取粪产碱菌(Alcaligenesfaecalis)总DNA,经限制性内切酶酶切和琼脂糖凝胶电泳,以含肺炎克氏杆菌(Klebsiellapneumoniae)nifH和nifH-D基因的DNA片段为探针进行Southern杂交,筛选出与nifHDK同源的4.6kb片段,克隆到pBluesriptSK~+载体上,构建了重组质粒pBZl.经亚克隆、酶切、DNA序列分析后发现,粪产碱菌具有与其它固氮菌相似的结构特征,其nifHDK共用1个启动子,具有上游激活序列UAS,RNA聚合酶σ54因子识别序列、1个A-T富集区和SD序列.nifH和nifD的阅读框架分别为888和1476bp,GC含量各为61.6%和60.2%.nifH-nifD和nifD-nifK的基因间隔区长度分别为101和105bp,各存在1个7bp的反向重复和1个SD序列.由阅读框架(ORF)推导的铁蛋白和钼铁蛋白α亚基的氨基酸序列与其它固氮菌相比有较高的同源性,高度保守的氨基酸残基所处的位置也很相似.同源性比较说明,粪产碱菌与棕色固氮菌(Azotobactervinelandii)同源性最高.