Secuencia del genoma de un aislamiento del virus de la tristeza de los cítricos

El genoma de un aislamiento severo del virus de la tristeza de los cítricos (VTC) de México (CBG-VTC1) se secuenció en su totalidad. Los 19 300 nucleótidos (nt) del genoma se dividen en 12 marcos de lectura abierta (ORF s) que codifican para 15 proteínas y dos regiones no traducibles (5 y 3 -UTR). El primer marco de lectura abierta inició en el nucleótido 108 con un tama o de 9587 nt, y codificó para tres proteínas traslapadas, una poliproteína de 357 kDa que contiene dos proteasas contiguas (P-PRO), una metiltransferasa (MTR) y una helicasa (HEL). El segundo ORF traslapó en los últimos 55 nt de las proteasas; éste codifica para una ARN polimerasa ARN-dependiente (RdRp) con un peso molecular de 47 kDa cuya función es la replicación. Los ORF s del 2 al 10 codificaron 10 productos proteicos con un rango que va de 6 a 65 kDa. El genoma CBG-VTC1 presentó sintenia con genomas ya reportados, y difirió solamente en 2 a 74 nt. La región 5 -UTR del CBG-VTC1 mostró 55 % de identidad con T30, 57.9 % con SY568, 100 % con T36 y solamente 58.9 % con VT, mientras que la región 3 -UTR tuvo 96 % de identidad en todos los aislamientos. La identidad aminoacídica promedio fue de 87.0 % con un aislamiento débil (T30) y de 85.9 %, 93.7 % y 85.13 % con las razas severas SY568, T36 y VT, respectivamente.