Metal Binding Sites in Plant Soluble Inorganic Pyrophosphatases. An Example of the Use of ROSETTA Design and Hidden Markov Models to Guide the Homology Modeling of Proteins

En contraste con sus contrapartes bacterianas y animales, la pirofosfatasas inorgánicas solubles de células vegetales son activas como monómeros. La isoformas 1 y 4 de Arabidopsis thaliana se han caracterizado con mayor detalle, pero su estructura tridimensional nestá disponible. Aquí, se emplea un protocolo recientemente publicado (ROSETTA design-HMMer), para guiar el modelado por homología en la obtención de modelos confiables de la estructura tridimensional de estas dos proteínas dearabidopsis. Su interacción con iones de magnesio y pirofosfato se analiza in silico.